1965年“三线建设”时期，为解决广西缺医少药问题并适应备战需要，国家决定在桂林建大输液车间和抗菌素车间，这就是桂林第二制药厂(以下简称二药厂)，厂址选在桂林市七星区七里亭的长山脚下。
当时建设条件十分艰苦，工人们靠人力肩挑背扛，每天天不亮就从三里店出发，步行五公里到荒谷里施工，直到傍晚才返回三里店的驻地休息。后来，南宁制药厂、华北制药厂、上海第三制药厂的技术骨干和工人陆续调来，成为二药厂的主要力量。
最初，二药厂计划生产西林瓶装青霉素，却因国际环境变化，胶塞无法进口。于是，工人们自己动手制造卡口瓶青霉素分装设备，像卡口瓶封口机、插管机、刮粉机、洗瓶机等。此后，二药厂发展越来越好，除了青霉素系列产品，大输液、小水针等产品也陆续投产，成为广西响当当的制药厂。
上世纪70年代，二药厂接到国家“523”办公室的任务，负责研制生产注射剂用青蒿琥酯。当时，虽然青蒿素已被发现有抗疟效果，但水溶性差，无法制成针剂抢救重症疟疾患者。那时候，桂林参与“523”项目的还有制药厂和芳香厂，这三家单位分工合作，在各自的领域上做出了成绩。
芳香厂从青蒿草中提取生产青蒿素，制药厂接着进行二次研发，做出了水溶性更好、治疟效果更佳的青蒿琥酯，二药厂则负责青蒿琥酯加工成注射剂。这一番合作，不仅体现了桂林抗疟团队的凝聚力，也为我国抗疟事业立下了大功。
上世纪80年代，注射用青蒿琥酯成为二药厂的核心产品之一。产品不仅斩获国家新药证书、技术开发优秀成果奖，还荣获广西工业新产品百花奖。1990年，二药厂的注射用青蒿琥酯曾作为国礼，随国家领导人出访时馈赠国际友人，在外交场合展现了中国医药科技的力量。
后来，随着时代发展和市场变化，到2001年，桂林制药厂改制为桂林南药股份有限公司，同年兼并了二药厂。回头看二药厂这一路走来，从建厂到发展，再到后来被兼并，这一路不仅见证了时代的更迭，它曾经的辉煌和贡献仍被历史所铭记。
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